윈도우에서 흔히 쓰는 .exe 실행 프로그램이나 .dll 이란 동적 링크 라이브러리들을 가지고 바이너리라고 부릅니다. 보통은 그냥 똑같이 C:\에 존재하기 때문에 파일만 봐서는 구분이 되지 않습니다.
이 둘을 구분하는 건 바로 실행 환경을 보고 구분합니다. .net 응용 프로그램은 CLR(Common Language Runtime)이라는 닷넷의 구성 요소 중 하나에서 동작합니다. CLR 위에서 실행되며, CLR에 의해 관리됩니다. 메모리, 스레드, 원격 서비스, 보안, 형식 안정성 등의 거의 모든 관리가 CLR에 의해 관리됩니다. 그래서 .net 응용 프로그램은 Managed Program이라고도 합니다.
이쯤 되면 대충 뭐랑 비슷해 보이긴 하죠? JVM이 떠오르셨다면 정답입니다. CLR은 닷넷의 핵심 요소로써 JVM과 유사한 역할을 합니다.